Тропическая медицина и хирургия

Абстрактный

Полное секвенирование генома Омикрона выявило множественные вспышки и случаи заноса в Индию в ноябре 2021 г. и январе 2022 г.

Шридханья Д. Марат, Варун Шаманна, Гита Нагарадж, Нишита С, Мутуминакши Бхаскаран, К.Л. Рави Кумар

Вариант, вызывающий беспокойство (VOC), Омикрон является преобладающим вариантом, циркулирующим по всему миру во время пандемии SARS CoV-2 во время третьей волны, включая Индию. Всемирная организация здравоохранения обозначила этот сильно мутировавший вариант как VOC из-за его высокой трансмиссивности и риска повторного заражения. Полногеномное секвенирование и анализ были выполнены для образцов SARS-CoV-2 с положительным результатом ПЦР в период с декабря 2021 года по январь 2022 года. Из 133 обнаруженных вариантов Омикрона был проведен геномный анализ путем их контекстуализации с 1586 полными геномами Омикрона из Индии, полученными из GISAID. Распространенность варианта Омикрона в Индии увеличилась в логарифмической фазе в течение 3 месяцев в большинстве мегаполисов. При наличии ограниченных данных секвенирования было установлено, что сублиния BA.1 преобладала в Индии с ноября 2021 года по январь 2022 года. Кроме того, первая последовательность сублинии BA.2 была представлена ​​из Дели только в середине декабря 2021 года. Две наблюдаемые вспышки были вариантом BA.2 и, как было обнаружено, распространились на несколько городов за короткое время. Быстрое распространение и специфические мутации в образцах вспышки Omicron указывают на то, что вариант является высококонтагиозным по сравнению с предыдущими вариантами. Исследование показывает важность геномной последовательности для выявления возникновения кластеров и принятия мер по предотвращению дальнейшего распространения событий.