Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Визуализация высокопроизводительных геномных данных с использованием R и Bioconductor

Ручи Ядав и Прачи Шривастава

ДНК-микрочипы, технология направлена ​​на измерение уровней мРНК в определенных клетках или тканях для многих генов одновременно. Микрочипы в молекулярной биологии приводят к огромным наборам данных, которые требуют строгого вычислительного анализа для извлечения биологической информации, которая приводит к некоторому заключению. От печати чипа микрочипа до процесса гибридизации и сканирования это приводит к изменчивости качества данных, из-за чего фактическая информация либо теряется, либо представляется в избыточном количестве. Вычислительный анализ играет важную роль, связанную с обработкой биологической информации, встроенной в результаты микрочипов, и для сравнения результатов экспрессии генов, полученных из разных образцов в разных условиях для биологической интерпретации. Основной, но сложной задачей является контроль качества и визуализация данных экспрессии генов микрочипов. Одной из самых популярных платформ для анализа микрочипов является Bioconductor, проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания геномных данных, основанный на языке программирования R. В этой статье описываются конкретные процедуры для проведения оценки качества чипа Affymetrix Gene с использованием данных из базы данных GEO GSE53890 и описываются пакеты контроля качества биопроводника со ссылкой на графики визуализации для детального анализа. Эта статья может быть полезна любому исследователю, работающему над анализом микрочипов для анализа контроля качества чипа affymetrix вместе с научными интерпретациями.