Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Визуальное обнаружение вируса курчавости верхушки с помощью колориметрической петлевой изотермической амплификации

Мохаммад Амин Алмаси, Мехди Агапур-оджагканди и Саид Агаи

Curly Top Virus (CTV) в сахарной свекле, принадлежащий к семейству Geminiviridae, гений Curtovirus является значительной проблемой в полузасушливых районах Ирана и других полузасушливых частях мира. Существует несколько диагностических методов обнаружения CTV, но эти методы занимают много времени от 3 часов до двух дней, требуя сложных инструментов. Целью этого исследования, впервые, было сокращение времени, необходимого для обнаружения CTV в сахарной свекле, с использованием метода колориметрической петлевой изотермической амплификации (LAMP), требующего только обычной водяной бани или термоблока. ДНК была извлечена из инфицированных естественным образом тканей листьев. Образцы были проверены на наличие видов Curtovirus с помощью реакций ПЦР и LAMP для амплификации гена белка, связанного с репликацией (rep), с использованием видовых праймеров. LAMP был оптимизирован для амплификации ДНК CTV в изотермических условиях путем инкубации при 63 °C в течение 30 минут. Продукты LAMP были обнаружены визуально с использованием различных красителей. Продукты амплификации LAMP имели вид лестницы при электрофорезе на агарозном геле, а также положительные результаты с использованием различных красителей были изменением цвета. Результаты подтвердили, что LAMP с различными красителями обеспечивает быстрый и безопасный анализ для обнаружения CTV в сахарной свекле. Поскольку при использовании других молекулярных методов оснащение лабораторий термоциклером или дорогими системами детекторов неизбежно, этот анализ оказался простым, экономически эффективным молекулярным методом, который может заменить другие диагностические методы в первичных лабораториях без необходимости в дорогостоящем оборудовании или специализированных методах. Его также можно рассматривать как надежную альтернативную систему обнаружения вирусов в дальнейших исследованиях.