Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Проверка методов выделения ДНК для анализа NGS-HERC

Ваня Ращанец

Предыстория-цель: Секвенирование следующего поколения (NGS) в онкологии начинается с высококачественного исходного материала образца для получения надежных результатов NGS и последующего точного анализа данных. Здесь мы представляем краткую проверку данных производителя трех различных методов выделения ДНК из одного и того же образца, в которых выход ДНК коррелирует с числом лимфоцитов. Методы: Образцы цельной крови были собраны в пробирки с ЭДТА у пациентов, направленных на тестирование панели наследственного рака NGS (HERC) на платформе Illumina MiSeq. Мы предоставили числа по 30 пациентам. Число лимфоцитов было определено на анализаторе Sysmex XN-1000. ДНК была выделена из 200 мкл цельной крови или лейкоцитарно-фосфористой пленки с использованием набора Qiagen QiaAmp DNA Blood Mini Kit для выделения ДНК, а также из цельной крови на QIAcube. Концентрация была измерена на спектрофотометре NanoDrop™ Lite и Qubit4. Результаты: Согласно полученным результатам, мы установили протокол использования оптимального метода выделения ДНК для анализа NGS у онкологических пациентов. Мы сравнили концентрацию ДНК трех различных исходных образцов и методов. Если количество лимфоцитов ниже 1,0 x 109/л, оптимальным образцом является лейкоцитарная пленка и метод QiaAmp. Если количество лимфоцитов составляет от 1,0 до 2,5x109/л, оптимальным образцом является цельная кровь и метод QiaAmp. В случаях, когда количество лимфоцитов выше 2,5x109/л, можно провести изоляцию QIAcube для получения высококачественной ДНК и минимальной концентрации ДНК 30 нг/мкл, достаточной для последующего анализа NGS. Заключение: Учитывая потенциально низкое количество лимфоцитов у онкологических пациентов, мы разработали оптимальный протокол для выделения ДНК с использованием различных исходных образцов и методов, чтобы обеспечить действительный образец ДНК для анализа NGS.