Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Использование гена фактора элонгации трансляции для специфического обнаружения и диагностики Fusarium xylaroides , возбудителя кофейного увядания в Эфиопии, Восточной и Центральной Африке.

Олал С., Оланго Н., Киггунду А., Очво С., Адрико Дж., Нантеза А., Матову Е., Лубега Г.В., Кагези Г., Хакиза Г.Дж., Вагуар В.В., Резерфорд М.А. и Опийо С.О.

В настоящем исследовании представлен первый отчет о применении полимеразной цепной реакции (ПЦР) на основе ДНК для специфического обнаружения и диагностики Fusarium xylarioides (анаморф: G ibberrela xylarioides). Fusarium xylarioides является возбудителем заболевания кофейного увядания (трахеомикоза), и это заболевание является наиболее важным экономическим ограничением в производстве кофе Робуста в Уганде. У патогена есть две расы, одна из которых патогенна для кофе Робуста, а другая для кофе Арабика, но не наоборот. Его лабораторная диагностика в основном основывалась на микроскопии, которая является медленной, имеет слабую дискриминационную способность, требует высокой квалификации, применима только к растениям-хозяевам с симптомами и с тех пор не смогла обнаружить патоген из почвы. Ген фактора удлинения трансляции-1α (TEF-1α) из F. xylarioides, выделенного из инфицированного растения кофе Робуста, был амплифицирован специфическим праймером рода Fusarium, затем продукт ПЦР был секвенирован. Затем данные о последовательности были использованы для разработки специфического праймера. Было обнаружено, что продукт праймера BLAST соответствует только последовательностям F. xylarioides, содержащим 75% расы, патогенной для кофе сорта Робуста и 25% для кофе сорта Арабика. Тест in vitro с помощью ПЦР показал, что праймер специфичен только для F. xylarioides, амплифицируя продукт 284bp, и способен дифференцировать F. xylarioides от всех близкородственных видов Fusarium и других протестированных фитопатогенов. Более того, он способен амплифицировать ДНК из всех изолятов F. xylarioides из разных регионов Уганды и амплифицировать концентрации ДНК, составляющие всего 0,78 нг/мкл.