Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Единицы: Универсальное истинное SDSA (структурно-зависимое выравнивание последовательностей)

Скотт Фой и Джеральд Вайкофф

Мотивация: программа Universal True SDSA (структурно-зависимое выравнивание последовательностей) или UniTS вычисляет наиболее вероятное выравнивание аминокислотной последовательности, полученное из нескольких наложенных трехмерных структур белка. Кроме того, используя этот недавно созданный SDSA, UniTS вычисляет улучшенные баллы оценки качества (например, RMSD и т. д.) для наложенных структур белка. Хотя были разработаны другие алгоритмы для получения выравнивания аминокислотной последовательности из выровненных трехмерных структур белка с использованием атомной близости, ни один из них не управляет надлежащим образом множественными совпадениями остатков, не предотвращает неправильное упорядочивание остатков и последовательно выравнивает структурно неконсервативные области. UniTS компенсирует недостатки, присущие программам SDSA на основе профиля остатков и программам структурного выравнивания. В отличие от программ SDSA на основе профиля остатков, используемых в качестве предшественников потокового и гомологичного моделирования, UniTS действительно зависит от структуры. Результаты: представленные здесь результаты демонстрируют, что UniTS вычисляет универсальное выравнивание последовательностей для полного белка по сравнению с частичным выравниванием последовательностей, полученным из программ структурного выравнивания. Кроме того, эти результаты демонстрируют способность UniTS уточнять ввод выравнивания последовательностей в программу суперпозиционирования и использовать это уточненное выравнивание для расчета улучшенных оценок структурного качества. Наконец, способность генерации оценок качества