Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

На пути к всестороннему пониманию регуляции miRNA и сетей взаимодействия miRNA

Джозеф Дж. Наллури, Дебмалия Барх, Васко Азеведо и Притам Гош

miRNAs являются жизненно важными регуляторами посттранскрипционной экспрессии генов. Дерегуляция miRNAs приводит к восприимчивости ко многим заболеваниям, особенно к раку. Их сложные молекулярные механизмы, включающие факторы транскрипции выше по течению, целевые показатели ниже по течению, функциональные и биологические процессы и регуляцию заболеваний, еще не полностью изучены. Следовательно, всестороннее понимание регуляторной сети miRNA имеет решающее значение для модуляции ее функций и разработки терапевтических средств miRNA. В настоящее время несколько независимых баз данных и инструментов, содержащих конкретную информацию о частях регулома miRNA, существуют изолированно, что препятствует целостному пониманию молекулярного механизма miRNA. Следовательно, интеграция всех разрозненных наборов данных в связной манере для получения всеобъемлющего понимания сопутствующего влияния и оттока из механизма регулома miRNA имеет решающее значение. В этой статье мы представляем отчет о случае miRegulome, первой всеобъемлющей интегрированной базе знаний о регуломе miRNA и аналитических инструментах для сетей взаимодействия miRNA. miRegulome объединяет основные молекулярные модули регулома miRNA в единую платформу. Мы также обсуждаем взаимодействия miRNA-болезни из miRegulome и разрабатываем графовые теоретические стратегии для их анализа. Мы также представляем дизайн следующего уровня для расширенного хранилища базы данных для всестороннего анализа данных, объединяющего разнообразные наборы данных, связанные с биологией miRNA; и представляем необходимость и проблемы разработки новых алгоритмов для прогнозирования новых взаимодействий между miRNA, генами, факторами транскрипции и заболеваниями.