Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Изучить влияние инъекции Шэньцифучжэна (SFI) на микроРНК в человеческих дендритных клетках

Yuwh H, Sze WH, Yip DMY, Cho SP, Boost WCS, Zhang MV, Fan Z, Ng K, Ng MCH, Yeung JWC, Hung A, H WH, Chong GSL и Lee RLP

Метод: В этом исследовании использовался двухэтапный подход. Сначала мы использовали надежную линию клеток DC для идентификации тех miRNA, которые могут быть вовлечены в активацию DC; затем последовало подтверждение с использованием DC, полученных из моноцитов, что было ближе к реальным физиологическим контекстам. Клетка THP-1, линия клеток человеческой моноцитарной лейкемии, ранее была показана как полезная для исследования DC in vitro. В этом исследовании мы идентифицировали ряд потенциальных кандидатов miRNA в DC, активированных SFI, с использованием массива микроРНК из 381 известной человеческой miRNA (Sanger miR Base, версия 14). Затем miR-22, miR-107 и miR-200a были выбраны из более чем 30 потенциальных кандидатов miRNA с относительным изменением кратности экспрессии >2, идентифицированных в соответствии с вычислительными доказательствами, полученными в базе данных аннотаций конвейера miR Base. Эти три miRNA были дополнительно исследованы на предмет любых изменений в экспрессии в подтверждающем исследовании с использованием DC, полученных из моноцитов (MDDC) из мононуклеарных клеток периферической крови здоровых нормальных субъектов (n=7) посредством количественной оценки с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени. Эти результаты были соотнесены с уровнями экспрессии HLA-DR и CD80 на MDDC с использованием проточной цитометрии. Результаты: подтверждающие результаты не показали какой-либо последовательной регуляции экспрессии miR22, miR107 и miR-200a из-за SFI в семи образцах MDDC. Кроме того, результаты испытаний на MDDC при обработке SFI в двух различных разведениях 1/20 и 1/40 соответственно в течение 24 часов инкубации также продемонстрировали незначительные изменения экспрессии HLA-DR и CD80 (p>0,05). Более того, корреляция экспрессии трех mi-РНК и уровней поверхностной экспрессии HLA-DR и CD80 не была статистически значимой для MDDC с обработкой SFI, разведенным в 1/20 в течение 1 часа, SFI, разведенным в 1/20 в течение 4 часов, и SFI, разведенным в 1/40 в течение 1 часа (p>0,05). Выводы: Повышенная экспрессия miRNA miR-22, miR-107 и miR-200a была обнаружена только в клеточной линии THP-1, но не была последовательно показана в MDDC из семи образцов периферической крови человека. Таким образом, были ли эти три mi-РНК действительно важными эпигенетическими регуляторами во время процесса SFI на DC, остается неизвестным; и потребует дополнительных будущих исследований с использованием нескольких аутентичных источников DC.