Биология и медицина

Абстрактный

Влияние значений параметров последовательности на филогенетическую точность

Бхакти Двиведи,*Судхиндра Р. Гадагкар

Точно выведенная филогения важна для изучения эволюции. Факторы, влияющие на точность выведенного дерева, можно проследить до нескольких последовательных шагов, ведущих к выводу филогении. Мы рассмотрели здесь влияние некоторых особенностей нуклеотидных последовательностей в выравниваниях на филогенетическую (топологическую) точность, а не какой-либо источник ошибки в процессе выравнивания последовательностей или выбора метода вывода (как это обычно делается). В частности, мы изучили (используя компьютерное моделирование) последствия изменения значений следующих пяти параметров, по отдельности и в сочетании: длина последовательности (l), скорость замены нуклеотидов (r), состав нуклеотидных оснований (?), отношение скорости перехода-трансверсии (?) и гетерогенность скорости замены среди сайтов (?). Интересным и неожиданным результатом стало то, что ? имеет сильную положительную связь с филогенетической точностью, особенно при высоких скоростях замены. Эта работа, основанная на моделировании, имеет значение для эмпирических исследователей в этой области и должна позволить им выбирать из множества генов, обычно доступных сегодня, для более точного вывода об изучаемой филогении.