Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

5´ â†' 3´ Экзорибонуклеаза 2 как потенциальная цель для разработки фунгицидов для борьбы с панамской болезнью

Мальдонадо Бонилья LD и Кальдерон-Оропеса MA

Вспышка Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4 в настоящее время угрожает мировому производству бананов. Из-за клональной природы коммерческих банановых растений селекция устойчивых сортов не представляется возможной; поэтому необходимо разработать альтернативные подходы к защите урожая. 5´ → 3´ экзорибонуклеаза XRN2/RAT1 участвует в распаде РНК 5´ → 3´. Исследования грибов с XRN2 и условными мутантами продемонстрировали решающую роль этого фермента, что позволяет предположить, что XRN2 следует рассматривать в качестве цели для поиска новых ингибиторов, которые могут быть использованы в качестве фунгицидов для борьбы с панамской болезнью. Наш анализ in silico Tropical Race 4 XRN2 (FocTR4XRN2) выявил характерные особенности 5´ → 3´ экзорибонуклеазы, такие как каталитический домен, который распознает 5´-монофосфорилированную РНК и катализирует обработанное расщепление мононуклеотидов. Разграниченная полость, показывающая потенциал для захвата субстрата, по-видимому, склонна к взаимодействию с небольшими молекулами, которые могут ингибировать ее активность. Каталитический домен в FocTR4XRN2 содержит мотив CCHC, который сохраняется в ортологичных белках из нитчатых грибов, но отсутствует в дрожжах. Остатки, участвующие во взаимодействии с пирофосфогидролазой RAI1, также сохраняются. Молекулярный докинг выявляет потенциальное взаимодействие FocTR4XRN2 с естественным ингибитором аденозин 3´, 5´ бисфосфатом и предполагает, что этот подход является надежным для скрининга новых ингибиторов ферментов, которые могли бы помочь в подавлении прогрессирования возбудителей панамской болезни.