Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Супрессивные варианты селеноцистеиновой тРНК в полном геноме Methanopyrus kandleri AV19

Уттам Роймандал, Шиб Санкар Дас, Рия Ракшит и Сатьябрата Саху4*

В археях предыдущие исследования выявили наличие множественных интрон-содержащих тРНК и расщепленных тРНК. Полный неотредактированный анализ генов архейных тРНК остается сложной задачей в области биоинформатики из-за наличия различных типов нарушенных генов тРНК в археях. Здесь мы предложили вычислительный метод, который искал широко разделенные гены, кодирующие половинки тРНК, для генерации подавляющих вариантов отсутствующих тРНК. Учитывая существование широко разделенных по всему геному генов расщепленных тРНК, мы разработали наш алгоритм поиска тРНК для предсказания таких разделенных генов тРНК путем поиска как консервативного концевого 5'-, так и 3'-мотивов тРНК в соответствии с гипотезой расщепления на основе предсказания клеверного листа и точного определения in silico вторичной структуры выпуклость-спираль-выпуклость в сайтах сплайсинга. Путем комплексного поиска отсутствующих генов тРНК мы охарактеризовали новые варианты тРНК селеноцистеина, которые были обнаружены вставленными в Methanopyrus kandleri AV19. Анализ полной последовательности генома M. kandleri AV19 выявил множественный режим транскрипции некодирующей РНК, декодирующей UGA, для считывания селеноцистеина (Sec) и предложил дальнейшее изучение нарушенных генов тРНК 002E.