И-Мин Ван и Хун Цао
Для характеристики структурных особенностей домена связывания FAD E. coli K1 CglE, дегидролипоамиддегидрогеназы (DLDH) с помощью моделирования гомологии. Сходство последовательностей N-концевых остатков 1-70 с a-субъединицей домена связывания FAD из CglE E. coli K1 и других DLDH послужило основой для проектирования домена связывания FAD CglE. В результате отсутствия единого удовлетворенного шаблона для моделирования гомологии для CglE были получены два шаблона (код PDB 2q7vA и 1jehA) с помощью процедуры моделирования гомологии онлайн для моделирования с несколькими шаблонами. Для получения целевого белка высокого качества были использованы вычислительное биоинформатическое программное обеспечение Accelrys Discovery Studio client 2.5 и несколько автоматизированных онлайн-серверов. Из-за относительно низкой идентичности выравниваний были приняты во внимание два шаблона с целью улучшения модели гомологии. Качество усовершенствованной модели оценивалось на основе как геометрических, так и энергетических аспектов, включая моделирование МД, минимизацию энергии, график Рамачандрана и другие измерения.