Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Специфическое обнаружение Klebsiella variicola и K. oxytoca методом петлевой изотермической амплификации

Джаред Ясухара-Белл, Калеб Айин, Эйприл Хатада, Ёнхун Ю, Роберт Л. Шлуб и Энн М. Альварес

Klebsiella spp. являются условно-патогенными микроорганизмами с клиническими, ветеринарными и связанными с растениями изолятами. Предыдущее исследование показало, что бактериальный ил из влажной древесины сильно упавших деревьев железного дерева на Гуаме содержал Ralstonia solanacearum , Klebsiella variicola и K. oxytoca. В этом исследовании петлевая изотермическая амплификация (LAMP) специально обнаружила K. variicola и K. oxytoca, используя уникальные наборы праймеров, разработанные индивидуально для каждого организма. Каждый LAMP специально обнаруживал свою цель, при этом показывая отрицательные результаты для нецелевых бактерий и отрицательных контролей. LAMP обнаруживал Klebsiella в инокулированных тканях стебля железного дерева и бактериальном ил. Из-за присутствия ингибиторов растений были протестированы различные протоколы отбора проб. Замачивание образцов растительной ткани для диффузии бактерий в раствор с последующим кипячением обеспечивало оптимальное обнаружение Klebsiella непосредственно из образцов растений. Ложноотрицательные результаты, полученные при использовании измельченных образцов растений, были устранены путем включения этапа обогащения, включающего посев и 12-часовую инкубацию. DGGE (денатурирующий градиентный гель-электрофорез) и иммуноанализ колоний-блотов с использованием антител, специфичных к клебсиеллам, также обнаружили клебсиеллу в инокулированном железном дереве. Полосы DGGE и перекрестные реакции антител от близкородственных энтеробактерий показали потенциал ложноположительных результатов. Природа LAMP делает его идеальным для тестирования в месте оказания медицинской помощи, а в сочетании со специфичностью праймеров LAMP, разработанных в этом исследовании, демонстрирует его потенциал в качестве рутинного полевого теста на клебсиеллу в железном дереве на Гуаме, а также клинической и ветеринарной диагностики инфекции клебсиеллы. Кроме того, регионы, намеченные для обнаружения в этом исследовании, имеют применение во всех формах молекулярной диагностики.