Журнал бактериологии и паразитологии

Абстрактный

Видовая идентификация бактерий и грибов в твердых и жидких питательных средах с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF

Марко Райх, Филипп П. Босхард, Майк Старк, Курт Бейзер и Стефан Боргманн

За последние годы масс-спектрометрия MALDI-TOF стала мощным инструментом для идентификации видов культивируемых бактерий и грибов. В настоящем исследовании описывается внедрение масс-спектрометрии MALDI-TOF в коммерческой высокопроизводительной лаборатории. Было оценено влияние различных условий роста на результаты идентификации. Хотя были замечены небольшие различия в спектрах MALDI-TOF штаммов E. coli и S. aureus, культивируемых на кровяном агаре в течение различных периодов (5, 18, 24 и 48 часов), надежная идентификация видов была получена для всех периодов. То же самое было верно, когда штаммы E. coli и S. aureus культивировались в течение 18 часов на различных твердых средах. Надежная идентификация также была достигнута, когда грибы культивировались на твердых и жидких средах (бульон Сабуро). Более того,
рост грибов в бульоне привел к ускоренной идентификации. Масс-спектрометрия MALDI-TOF также позволила надежно идентифицировать микроорганизмы из положительных образцов гемокультуры. Всего было исследовано 2900 образцов (234 различных вида), преимущественно полученных из клинических образцов. Микроорганизмы культивировались на твердых средах, во флаконах для гемокультуры и в жидком бульоне Сабуро. 98,6% (n=2860) результатов идентификации MALDI-TOF совпали с результатами традиционных методов (например, окрашивание по Граму, способность к деградации углеводов, система Phoenix) и секвенированием продукта ПЦР 16S рДНК. Несоответствия были в основном основаны на отсутствии референтных спектров в базе данных системы анализа. Исследование было проведено в 2009 году. Благодаря постоянному совершенствованию базы данных, в настоящее время при проведении исследования будет достигнута еще более высокая точность. Подводя итог, можно сказать, что использование масс-спектрометрии MALDI-TOF в клинической среде с высокой пропускной способностью приводит к надежным результатам, даже при использовании различных условий культивирования, например, бульонов для культивирования грибов. Масс-спектрометрия MALDI-TOF — это быстрая и надежная система идентификации, которая становится новым стандартом для идентификации микроорганизмов в высокопроизводительных лабораториях.