Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Краткий комментарий по теме: О прогнозировании предпочтений доменов C2H2-ZF в отношении связывания ДНК с использованием структурных моделей: применение к человеческому CTCF

Альберто Месегер, Рубен Молина-Фернандес, Нарсис Фернандес-Фуэнтес, Ориол Форнес*, Бальдо Олива*

В работе под названием «О прогнозировании предпочтений связывания ДНК доменов C2H2-ZF с использованием структурных моделей: применение на человеческом CTCF» мы представляем новый вычислительный метод для прогнозирования предпочтений связывания ДНК для белковых доменов цинкового пальца Cis2-His2 (C2H2-ZF) из их аминокислотной последовательности или структуры. Метод использует структуры комплексов белок-ДНК для расчета набора статистических потенциалов на основе знаний. Учитывая небольшое количество комплексов белок-ДНК с известной структурой, мы дополняем набор структур экспериментальными взаимодействиями дрожжей-одногибрида более 170000 доменов C2H2-ZF с разработанной последовательностью. Мы реализовали сервер для моделирования структуры любого комплекса белок-ДНК этого семейства и выводим его теоретическую матрицу весов позиций на основе лучших оценок взаимодействий, рассчитанных с использованием статистических потенциалов. Подход проверен и применен к человеческой последовательности CTCF.