Генная технология

Абстрактный

sdRNA: siRNA с ДНК-семенем для эффективной и специфичной для целевого гена интерференции РНК

Кумико Уи-Тей

РНК-интерференция (РНКi), процесс, посредством которого малые интерферирующие РНК (siRNA) вызывают специфичное для последовательности посттранскрипционное подавление генов, обычно признается мощным инструментом не только для функциональной геномики, но и для терапевтических приложений. Для достижения точной функции целевого гена и успешного терапевтического применения необходимо выбрать эффективный и специфичный для целевого гена

siRNA с минимальными нецелевыми эффектами. Мы обнаружили, что способность вызывать нецелевые эффекты на непреднамеренных генах сильно коррелирует с термодинамической стабильностью дуплекса, образованного между областью затравки (позиции 2-8 от 5' конца направляющей нити siRNA) и целевой мРНК. В соответствии с этим свойством мы обнаружили, что химерная siRNA ДНК-РНК (chiRNA) с дезоксирибонуклеотидами в 5' проксимальных восьми нуклеотидах направляющей нити и комплементарными нуклеотидами в пассажирской нити практически не оказывала нецелевого эффекта из-за низкой стабильности дуплекса ДНК-РНК в спаривании оснований затравка-цель. Однако соответствующая активность РНКi для первичных целевых генов также была снижена до одной десятой в среднем за счет замен ДНК. В данной работе мы сообщаем, что siRNA с семью дезоксирибонуклеотидами исключительно в затравочной области (sdRNA) могут демонстрировать эффективную специфичность к мишени, но при этом снижают активность РНК-интерференции из-за нецелевого эффекта.