Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Скрининг РНК-интерференции вне мишени с использованием анализа главных компонент

Якоб Мюллер, Михаэль В. Пфаффл

Нецелевые эффекты остаются основной проблемой в любом приложении РНК-интерференции. Применяя исследования потери функции клеточной культуры, оцененные с помощью тепловой карты и анализа главных компонент (PCA), мы поняли, что графики, полученные с помощью PCA, могут четко визуализировать нецелевые эффекты. Из-за отсутствия нецелевых эффектов в нашей модели клеточной культуры мы создали модель данных in silico, чтобы продемонстрировать, как можно использовать PCA. С представленной модуляцией in silico можно моделировать влияние различных методов лечения на изменение экспрессии генов. Известные эффекты, вызванные лекарственной обработкой или вставленными нокдаунами, можно четко отделить от неизвестных нецелевых эффектов. Создавая различные рандомизированные наборы данных о экспрессии генов, мы демонстрируем, что PCA может назначать более эффективный нецелевой эффект по сравнению с шаблоном регуляции генов тепловой карты.