Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Новейшие технологии клинической микробиологии: секвенирование всего генома (WGS) и времяпролетная масс-спектрометрия с лазерной десорбцией и ионизацией с использованием матрицы (MALDI-TOF MS)

Чонсук И

Самой горячей проблемой в области клинической микробиологии в последние годы является применение полногеномного секвенирования (WGS) к клинической диагностике и терапии с помощью методологии секвенирования следующего поколения. Применение WGS включает идентификацию видов, эпидемиологическое исследование и изучение устойчивости к противомикробным препаратам и т. д. Анализ на основе однонуклеотидного полиморфизма (SNP) повышает точность и чувствительность идентификации видов за счет выраженной дискриминационной способности, а возможность отслеживания процесса передачи позволяет контролировать инфекции, включая вспышки. Мы можем прояснить механизм устойчивости к противомикробным препаратам бета-лактамаз расширенного спектра или карбапенемаз и выяснить механизм горизонтального переноса мобильных геномных островов. В случае создания нового метода ПЦР цель и праймер можно выбрать с помощью баз данных WGS. Метод MALDI-TOF используется почти во всех лабораториях, идентифицируя виды бактерий, грибков и микобактерий. Прямая идентификация в бутылке с культурой крови возможна у пациентов с бактериемией, и могут быть обнаружены бета-лактамазы или карбапенемазы. Кроме того, ее можно применять в токсине Шига E. coli, серотипах сальмонеллы или риботипах C. difficile.