Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Ранжирование прокариотических геномов на основе максимизации сортировки длин генов

Большой А, Салих Б, Коэн И и Татаринова Т

Как вариации длин генов (некоторые гены становятся длиннее своих предшественников, в то время как другие гены становятся короче, а размеры этих фракций случайным образом различаются от организма к организму) зависят от эволюции и адаптации организмов, все еще остается открытым вопросом. Мы предлагаем ранжировать геномы в соответствии с длинами их генов, а затем находить связь между рангом генома и различными свойствами, такими как температура роста, нуклеотидный состав и патогенность. Этот подход выявляет движущие факторы эволюции. Основная цель этого исследования — проверить эффективность и надежность нескольких методов ранжирования. Выбранный метод оценки — измерение общей отсортированности данных. Мы продемонстрировали, что все рассмотренные методы дают согласованные результаты, а пузырьковая сортировка и имитационный отжиг достигают наивысшей отсортированности. Кроме того, пузырьковая сортировка значительно быстрее метода имитационного отжига.