Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Быстрое надежное исследование вселенной PDB ищет новый алгоритм поиска шаблонов

Сунил Нахата и Ашиш Рунтхала

Предсказание структуры белка, близкой к нативной, с помощью моделирования на основе шаблонов (TBM) уже несколько лет является основной реалистичной целью структурной биологии. Алгоритмы TBM требуют наилучшего набора шаблонов для целевой последовательности белка, чтобы максимально ее охватить и построить ее правильную топологию. Однако точность таких алгоритмов прогнозирования страдает от алгоритмических и логических проблем наших мер поиска шаблонов, которые не позволяют быстро отбирать надежные структуры для целевой последовательности. В этом исследовании мы используем отобранный набор данных PDB95 из 41 967 шаблонов для прогнозирования моделей CASP10 target T0752 для оценки эффективности обычно используемых поисковых систем PSI-BLAST и HHPred. Наш анализ представляет собой подробное исследование с целью открытия новых перспектив для повышения точности методологий прогнозирования TBM. Он выявляет слабые стороны наиболее популярных мер поиска шаблонов и, таким образом, кратко дает существенное представление о качествах предполагаемого алгоритма поиска шаблонов, чтобы проиллюстрировать необходимость в более надежном алгоритме поиска шаблонов.