Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Количественная оценка отображения данных тепловой карты для высокопроизводительного анализа

Пол Джуно

Тепловые карты использовались как средство визуализации высокоплотной информации в таких разнообразных областях, как астрономия, бизнес-анализ и метеорология . Исследовательские группы по биологии открытия также использовали тепловые карты для визуализации кластеров генов в геномных исследованиях или для изучения распределения аминокислот в анализе последовательности белков. Коммерчески доступные программные пакеты, такие как Spotfire® или SAS JMP®, предоставляют научным исследователям возможность строить тепловые карты и визуализировать информацию из исследований, но не предлагают никакой формы сводной статистики, которая была бы полезна в высокопроизводительных исследованиях, сравнивающих результаты большого количества визуализаций данных одновременно или просматривающих изменения в отображении в продольном направлении (с течением времени).

Ранее Джуно предложил использовать характеристику лакунарности Плотника (1996) для отображения данных двумерной тепловой карты в двух цветах или оттенках. Для c (c>2) дискретных оттенков (в монохроматической карте) или оттенков (в полноцветном отображении) автор предложит модификацию подхода Плотника, используя базовый подход скользящего ящика, разработанный Алленом и Клойтром, но с изменением способа подсчета признаков.