Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Прогнозирование функционального сайта белка с использованием консервативной и приблизительной градации

Ёсуке Кондо и Сатору Миядзаки*

До сих пор для прогнозирования важных участков белка было разработано много вычислительных методов. В эпоху больших данных требуется улучшение и усложнение существующих методов путем интеграции данных о последовательностях в структурные данные. В этой статье мы стремимся к двум вещам: улучшению методов, основанных на последовательностях, и разработке нового метода, использующего как данные о последовательностях, так и структурные данные. Поэтому мы разработали изначально модифицированный метод эволюционной трассировки, в котором мы определили консервативные градации, рассчитанные из заданного множественного выравнивания последовательностей, и приблизительную градацию, чтобы оценить предсказанные активные участки с точки зрения взаимодействия белок-ион, белок-лиганд, белок-нуклеиновая кислота, белок-белок с использованием трехмерных структур. Другими словами, приблизительная градация также может оценить аминокислотный остаток. Когда мы применили наш метод к белкам фактора удлинения трансляции Tu/1A, он показал, что консервативные градации точно оцениваются приблизительной градацией. Следовательно, наша идея указала на два преимущества. Во-первых, мы можем учитывать различные структуры сокристаллов для оценки. Другая идея заключается в том, что, вычисляя соответствие между заданной консервативной оценкой и приблизительной оценкой, мы можем выбрать лучшую консервативную оценку.