Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Прогнозируемая функциональность бактерий в натурально ферментированных молочных продуктах Индии с использованием PICRUSt2 и Piphillin Pipelines

Х. Накибафер Джонс Шангплианг, Джоти Пракаш Таманг*

Продукты из натурально ферментированного молока (NFM) являются популярными деликатесами в индийских штатах Сикким и Аруначал-Прадеш. Бактериальные сообщества в этих продуктах NFM Индии ранее анализировались методом высокопроизводительного секвенирования. Однако предиктивная функциональность генов продуктов NFM Индии не изучалась. В этом исследовании необработанные последовательности продуктов NFM Сиккима и Аруначал-Прадеша были получены с сервера базы данных MG-RAST/NCBI. Инструменты PICRUSt2 и Piphillin применялись для изучения прогнозирования микробных функциональных генов. MUSiCC-нормализованные KO и картированные пути KEGG как из PICRUSt2, так и из Piphillin привели к более высокому проценту первых по сравнению со вторыми. Хотя функциональные характеристики сравнивались из обоих конвейеров, тем не менее, между прогнозами были значительные различия. Таким образом, консолидированное представление обоих алгоритмов представило общий взгляд на предиктивные функциональные профили, связанные с микробиотой продуктов NFM Индии.