Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Полимераза и ген белка оболочки были направлены и охарактеризованы в вирусе желтой карликовости пшеницы, выведенные аминокислоты были сравнены с членами группы в Genbank

Хода Вазири*

Растения пшеницы, выращенные в Египте, демонстрируют вирусоподобные симптомы Желтая карликовость пшеницы была охарактеризована с помощью метода ОТ-ПЦР. Были выбраны две кодирующие области изолята вируса желтой карликовости пшеницы (WYDV-PAV) для гена полимеразы (P1), расположенного в открытой рамке считывания (ORF1), и гена белка оболочки, расположенного в открытой рамке считывания (ORF3).
Были разработаны два набора специфических праймеров в соответствии с изолятом BYDV-PAV в Genbank. Фрагменты ДНК ORF1 и ORF3 египетского изолята BYDV-PAV были клонированы и секвенированы. Последовательность содержала полноразмерный ORF1, кодирующий ген вирусной полимеразы. Он состоит из 910 нуклеотидов в длину и кодирует предсказанную полипептидную цепь из 303 аминокислот с M(r) 34,67. С другой стороны, данные последовательности для ORF3, кодирующей вирусный белок оболочки, показали, что он имеет длину 603 п.н. и кодирует предсказанный белок из 200 аминокислот с молекулярной массой 21,96 кДа. Однако филогенетическое дерево гомологии, основанное на множественных выравниваниях последовательностей египетского изолята Egy-Wz с теми изолятами, которые доступны в NCBI GenBank, показало, что ген полимеразы разделяет 76,5% -99% и 71,6% -93,2% идентичности последовательностей на уровне аминокислот и нуклеотидов с изолятами 05GG2, PAV 014 и PAV014, PAV-Aus соответственно. С другой стороны, ген белка оболочки показал 85,1% -99,5% и 89,7% -99,2% сходства последовательностей с двумя изолятами 06KM14 и 05GG2 на уровне аминокислот и нуклеотидов соответственно.