Биология и медицина

Абстрактный

Реконструкция филогении ферментов, конъюгирующих убиквитин (E2)

Мухаммадх Хан, Кайзер Джамиль

Реконструкция филогении привлекла большое внимание биологов и компьютерных специалистов из данных о порядке генов за последние несколько лет. Убиквитин широко распространен у эукариот и играет ключевую роль в селективной АТФ-зависимой деградации белков в клетках. Он также высоко экспрессируется в нескольких типах рака. Поэтому, чтобы понять его диверсификацию у эукариот, мы провели это исследование, чтобы определить его филогению с использованием различных вычислительных методов. Все последовательности конъюгирующего фермента убиквитина были извлечены из банка данных белков (PDB) и с использованием метода MaximumLikelihood, реализованного в PHYML, было построено некорневое филогенетическое дерево. Это дерево имело четыре основных кластера и один мини-кластер. Мы вычислили расхождение для кластеров гена из сайт-специфического изменения функциональной важности в эволюции последовательности белка. Затем расхождение было отображено на трехмерной структуре белка ube2c, полученной из банка данных PDB: (IL7K) с использованием RASMOL. Из этого исследования мы делаем вывод, что нам удалось указать точные сайты, где происходит активная эволюция E2, и очевидно, что эти сайты подвергаются сильному очищающему отбору. Мы ожидаем, что эта информация будет иметь некоторые полезные последствия в неоплазии, поскольку есть сообщения о том, что мутации в этом белке, вероятно, способствуют прогрессированию опухоли.