Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Филогения различных штаммов Helicobacter pylori не может быть объяснена геном 16S рРНК из-за высокого сходства в последовательности генов между штаммами

Венфа Нг

Понимание эволюционного родства различных штаммов вида помогло выявить штаммоспецифичные различия, которые могут быть полезны для диагностики и лечения заболеваний. Обычно такое типирование на уровне штамма дополняется молекулярными анализами, такими как секвенирование ДНК и анализ филогенетического дерева. В этой работе используются общедоступные данные о последовательности гена 16S рРНК различных штаммов Helicobacter pylori , чтобы помочь построить филогенетическое дерево, описывающее эволюционные траектории различных штаммов. Результаты множественного выравнивания последовательностей показывают высокий уровень консерватизма в последовательности гена 16S рРНК между штаммами. Затем это преобразуется в структуру филогенетического дерева, которая предполагает очень близкие эволюционные связи различных штаммов, за исключением одного штамма-выброса. Даже в случае штамма-выброса его эволюционное расстояние от других собратьев также было невелико. В целом, результаты, полученные в этом исследовании, указывают на то, что ген 16S рРНК может не улавливать филогению на уровне штамма между различными штаммами одного и того же вида и указывают на усилия по выяснению этого филогенетического эффекта в других генах вида. Такие гены могут быть вовлечены в вирулентность во время патогенеза у людей и, таким образом, могут подвергаться более высокому эволюционному давлению и естественному отбору.