Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

PGR: новый репозиторий графов 3D-структур белков

Ваджди Дифли и Абдулай Банире Диалло*

Теория графов и интеллектуальный анализ графов представляют собой богатые области вычислительных методов для изучения структур, топологий и свойств графов. Эти методы представляют собой хороший актив в биоинформатике, если существуют эффективные методы преобразования биологических данных в графы. В этой статье мы представляем репозиторий графов белков (PGR), новую базу данных трехмерных структур белков, преобразованных в графы, позволяющую использовать большой репертуар методов теории графов в интеллектуальном анализе белков. Этот репозиторий содержит графические представления всех известных в настоящее время трехмерных структур белков, описанных в банке данных белков (PDB). PGR также предоставляет эффективный онлайн-конвертер трехмерных структур белков в графы, биологическое и графовое описание, предварительно вычисленные атрибуты и статистику графов белков, визуализацию каждого графа белков, а также инструмент поиска сходства белков на основе графов. Такой репозиторий представляет собой обогащение существующих онлайн-баз данных, которое поможет преодолеть разрыв между интеллектуальным анализом графов и анализом структуры белков. Данные и характеристики PGR уникальны и не включены ни в одну другую базу данных белков. Репозиторий доступен по адресу http://wjdi.bioinfo.uqam.ca/