Журнал биоэквивалентности и биодоступности

Абстрактный

Панорамный обзор прогресса и развития молекулярной стыковки

Киран Рамешбхай Дудхат

В структурной молекулярной биологии и создании лекарств с помощью компьютера молекулярная стыковка является важнейшим инструментом. Прогнозирование преобладающих режимов связывания лиганда с белком, имеющим известную трехмерную структуру, является целью стыковки лиганда с белком. Эффективные методы стыковки используют систему подсчета очков, которая правильно ранжирует кандидатные стыковки и эффективно исследует многомерные пространства. Оптимизация свинца значительно выигрывает от использования стыковки для проведения виртуального скрининга на огромных библиотеках соединений, оценки результатов и предложения структурных идей о том, как лиганды ингибируют цель. Может быть сложно интерпретировать результаты методов стохастического поиска, и настройка входных структур для стыковки так же важна, как и сама стыковка.

В последние годы компьютерное проектирование лекарств в значительной степени опиралось на метод молекулярной стыковки для оценки сродства связывания и оценки интерактивного режима, поскольку он может значительно повысить эффективность и снизить затраты на исследования. В этой работе представлены основные концепции, методы и часто используемые приложения молекулярной стыковки. Кроме того, она сопоставляет наиболее популярные приложения стыковки и предлагает соответствующие области исследований. Наконец, дается краткий обзор последних разработок в области молекулярной стыковки, включая интегрированную технику и глубокое обучение. Текущие приложения стыковки недостаточно точны для прогнозирования сродства связывания из-за недостаточной молекулярной структуры и неадекватности механизма оценки.