Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Алгоритм NW и моделирование ANFIS по выравниванию сходства триплексного капсидного белка вируса простого герпеса человека

Випан Кумар Сохпал, Апурба Дей и Амарпал Сингх

Оптимальное сходство последовательностей триплексных капсидных белков вируса простого герпеса человека (HHV) является сложной биоинформатической проблемой, которая контролируется алгоритмами выравнивания, матрицей замещения, штрафом за пробел и расширением пробела. Точный выбор матрицы мутаций требуется для оптимизации сходства выравнивания и соответствующего вычислительного подхода, необходимого для поиска сходства. В настоящей статье используется подход адаптивной нейро-нечеткой системы вывода (ANFIS) для моделирования и имитации сходства выравнивания для матриц замещения PAM и Blosum. Матрица мутаций и последовательности HHV-I и HHV-II были взяты в качестве входных параметров модели. Модель представляет собой комбинацию нечеткого вывода, искусственной нейронной сети и набора нечетких правил, разработанных непосредственно из вычислительного анализа с использованием алгоритма NW. Предлагаемый подход к моделированию проверяется путем сравнения ожидаемых результатов с наблюдаемыми практическими результатами, полученными с помощью вычислительного анализа при определенных условиях. Применение теста ANFIS показывает, что матрица замещения, предсказанная предложенной моделью, полностью согласуется с экспериментальными значениями на уровне значимости 0,5%.