Журнал исследований и терапии стволовых клеток

Абстрактный

Мезенхимальные стромальные клетки и сосудистый морфогенез: профили экспрессии генов и пути продвижения

Рогир ТА Ван Вайк

АННОТАЦИЯ
Цель: Гемопоэтические клетки и мезенхимальные стромальные клетки тесно связаны с эндотелиальными клетками в
линиях дифференцировки эмбриональных клеток. Для изучения патобиологии сосудистой иммунологии и микроокружения
в сосудистом морфогенезе мы проанализировали генетические факторы, которые, как известно, участвуют в сосудистых аномалиях у людей
и мышей, в данных по экспрессии из проекта «Иммунологический геном» (ImmGen).
Методы: Мы изучили базы данных Pictures of Standard Syndromes of Undiagnosed Malformations и NCBI Online
Mendelian Inheritance in Man, чтобы составить список генов, связанных с сосудистой системой. Мы изучили
сигнатуры экспрессии этих генов в базе данных ImmGen. Иерархический кластерный анализ был выполнен с использованием Partek®
Genomics Suite 6.6. Затем полученные кластеры были отдельно исследованы в рамках анализа путей Ingenuity Pathway Analysis
(IPA). На основании этих результатов мы провели анализ главных компонентов (PCA) с образцами перицитов из
отдельной базы данных, чтобы исследовать связь с перицитами.
Результаты: Наши запросы к базе данных привели к списку генов из 438 генов, связанных с сосудистой системой, из которых 384 можно было
изучить в наборе данных ImmGen. С помощью иерархической кластеризации мы идентифицировали пять отдельных кластеров,
один из которых был специфичен для экспрессии в линиях мезенхимальных клеток. Затем, используя IPA, мы обнаружили различные пути, связанные с
функциями перицитов. Последующий PCA с образцами перицитов показал близкое сходство со специфическими стромальными клетками
мезенхимального происхождения, что указывает на общие профили экспрессии сосудистых генов между перицитами и этими типами клеток.
Эти результаты указывают на то, что процессы эпителиально-мезенхимального перехода и/или эндотелиально-мезенхимального
перехода лежат в основе взаимодействия между эпителиальными/эндотелиальными клетками и мезенхимальными стромальными клетками в сосудистом
морфогенезе.
Заключение: В этом исследовании анализа данных мы выполнили слияние данных из различных источников, что может помочь в будущих
механистических и терапевтических исследованиях при разработке дизайна исследования и выборе типа клеток, а также предоставить потенциальную стратегию
для поиска терапевтических мишеней на основе конкретных патологических молекулярных механизмов, связанных с сосудистыми аномалиями.