Журнал исследований и разработок в области аквакультуры

Абстрактный

Введение в создание сравнительного анализа последовательностей генов 16S рРНК с amoA и nxrA для нитрифицирующих бактерий, выделенных из водно-болотных угодий Восточной Калькутты: международного Рамсарского угодья

Саха М., Саркар А. и Бандхопхадхьяй Б.

Азотный цикл является наиболее сложным и очень важным для жизни на Земле. Нитрифицирующие бактерии, которые осуществляют процесс азотного цикла, играют жизненно важную роль в контроле качества воды, поэтому создание геномной базы данных отпечатков пальцев для наблюдения и мониторинга генетической изменчивости нитрифицирующих бактерий очень важно, а также для создания протокола биологической безопасности для Bheries, расположенных в разных районах Западной Бенгалии. Текущие эволюционные связи и естественное разнообразие аммиачно-окисляющих бактерий (AOB) и нитрит-окисляющих бактерий (NOB) в основном основаны на сравнительном анализе последовательностей их генов, кодирующих 16S рРНК и полипептид активного сайта аммиачно-монооксигеназы (AmoA) и нитрит-оксидоредуктазы (NxrA) в водно-болотных угодьях Восточной Калькутты. Это исследование значительно расширило базы данных 16S рРНК и amoA для AOB, базы данных nxrA для NOB. Таким образом, любой из функциональных маркеров (amoA или nxrA) может быть использован для отслеживания окислителей аммиака, а структурный маркер (16S рДНК) может быть использован для отслеживания конкретных видов в исследованиях окружающей среды. Эти методы включали использование генов 16S рДНК для характеристики природных популяций AOB и NOB и анализа их таксономических и филогенетических особенностей. Текущее восприятие филогении AOB и NOB, установленное сравнительным анализом последовательности 16S рРНК, может быть подтверждено независимо путем использования генов amoA и nxrA и доказано в качестве альтернативного филогенетического маркера. Целью нашей работы является исследование потенциала гена субъединицы A аммиачной монооксигеназы (amoA) и гена нитрит-оксидоредуктазы (nxrA) в качестве функциональных маркеров для AOB и NOB вместе с анализом последовательности 16S рДНК в EKW. Для экологического надзора такие гены, как amoA и nxrA, специфичные для нитрифицирующих бактерий, в рамках текущей исследовательской работы могли бы стать более надежным инструментом.