Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Интерактивное сетевое исследование в процессе Kdd, вклад в изучение популяционной изменчивости кукурузного фидживируса

Марио Алехандро Гарсия, Мария де ла Пас Хименес Печчи, Хуан Баутиста Кабрал, Адриан Ньето Кастильо и Ирма Грасиела Лагуна

Генетическую изменчивость особей одного вида можно изучать с помощью сетей, которые представляют генетические расстояния между ними. Мы изучили случай вируса Mal de Rio Cuarto (MRCV), определив меры расстояния между профилями генома разных особей и создав сеть гаплотипов. Топологические свойства сети были проанализированы, и это было исследовано в двух измерениях, образуя пространственно-временные среды. Исследование привело к наблюдению, что в первые годы тестирования урожая количество гаплотипов и расстояние между ними были больше, чем в последующих урожаях. Индикатор изменчивости был рассчитан для каждой среды и сравнен с его ожидаемым значением, что подтвердило наблюдение, сделанное во время исследования, и пришло к выводу, что изменчивость вируса снизилась после эпидемии, произошедшей в течение урожая 1996-97 года. Представлен анализ изменчивости MRCV через сети гаплотипов. Мы предлагаем использовать этот инструмент, который необычен в процессах KDD, привнося новый подход, который рассматривает концепции представления знаний, структурированного моделирования данных, визуализации, исследования и интерактивного открытия.
Основным вкладом этого случая в процесс KDD является предложение интерактивного исследования сетей, которое оказалось интуитивно понятным и простым в применении для анализа.