Фабиола Маркиш де Карвальо, Леандро Насименту Лемос, Лусиане Приоли Чапина, Реннан Гарсиас Морейра, Александра Гербер, Ана Паула К. Гимарайнш, Татиани Ферегетти, Вирджиния Антунес де Андраде Замбелли, Рената Авила, Тайла Бернарду де Алмейда, Хаймсон да Силва Лима, Шана Присцила К. Баррозу, Мауро Мартиньш Тейшейра, Ренан Педра Соуза, Синтия Честер Кардозу, Ренато Сантана Агиар, Ана Тереза Р. де Васконселос*
Цели: Вторичные бактериальные и грибковые инфекции связаны с респираторными вирусными инфекциями и инвазивной искусственной вентиляцией легких. Влияние микробиома на тяжесть COVID-19 у пациентов, поступивших в отделения интенсивной терапии (ОИТ), остается плохо изученным. В этой работе описана микробиота легких бразильских пациентов с COVID-19 и изучено, как микробные патогены могут способствовать клиническому исходу заболевания коронавирусом 2019 года.
Методы: Была извлечена общая ДНК из бронхоальвеолярных лаважных жидкостей 21 бразильского пациента с COVID-19. Все пациенты имели положительный результат ОТ-ПЦР и были госпитализированы в отделения интенсивной терапии в двух бразильских центрах. Для метагеномного анализа секвенированные прочтения были отправлены в биоинформационные инструменты для таксономических и функциональных выводов.
Результаты: Мы определили респираторные, нозокомиальные и условно-патогенные патогены как преобладающие бактерии в легких, что предполагает процесс дисбиоза (микробный дисбаланс) у пациентов отделения интенсивной терапии COVID-19. Микробный функциональный анализ выявил метаболические пути, связанные с репертуаром вирулентности, такие как образование биопленки, секретируемые токсины, капсульные полисахариды и получение железа. Микробные патогены и механизмы их вирулентности были связаны с иммунологическими реакциями хозяина, и была представлена клеточная модель, предполагающая, как виды бактерий могут участвовать в ухудшении COVID-19.
Заключение: Мы изучаем, как виды микроорганизмов, присутствующие в легких, могут потенциально модулировать и усугублять иммунологические процессы у пациентов, поступающих в отделения интенсивной терапии, способствуя тяжести течения COVID-19.