Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Анализ последовательностей повторов в геномах флавивирусов , включая вирус денге, на основе Imex

Чаудхари Машхуд Алам, Асиф Икбал, Бабита Тадари и Сафдар Али

Простые повторы последовательностей (SSR), также известные как микросателлиты, представляют собой мотивы повторов длиной 1-6 нуклеотидов, присутствующие в различном количестве итераций в кодирующих и некодирующих областях прокариот, эукариот и вирусов. Настоящее исследование фокусируется на простых повторах последовательностей (SSR) в 27 геномах флавивирусов, включая вирус денге. Сравнительная вирусная геномика в свете SSR поможет нам понять разнообразие и приспособляемость к новым хозяевам. Всего было обнаружено 1164 SSR и 53 cSSR из 27 изученных геномов. Мононуклеотид A был наиболее распространенным мотивом повторов со средним распределением около 6. За ним следовал G (среднее распределение 2). Среди динуклеотидов мотив повторов AG/GA был наиболее распространенным со средним распределением 14 по изученным геномам. Геномы флавивирусов не имели двух существенных признаков, ответственных за эволюцию генома, динуклеотидного повторного мотива AT/TA (наименее представленного со средним распределением ~0,5) и cSSR в некодирующих регионах, что предполагает стабильный геном или эволюцию посредством до сих пор необъяснимых механизмов. Раскрытие консервативных последовательностей в изолятах вируса Денге предполагает основу для разработки биомаркеров для вирусной диагностики.