Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Функциональное предсказание in silico и анализ экспрессии в ответ на стресс, вызванный засухой, семейства генов макрофагального белка, ассоциированного с естественной устойчивостью ( NRAMP ), у кукурузы

Г-н Голам Рабби, г-н Мостафа Камаль, г-н Сакиб Хасан, г-н Моссаббир Хоссейн, г-н Нуман Ислам*

Белки макрофагов, ассоциированные с естественной устойчивостью ( NRAMP ), функционируют в растениях как переносчики металлов для поддержания гомеостаза металлов. Идентификация по всему геному и функциональное предсказание NRAMP кукурузы еще не изучены. Анализ по всему геному выявил семь (ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP3, ZmNRAMP4, ZmNRAMP5, ZmNRAMP6, ZmNRAMP7 ) белков в кукурузе с молекулярной массой от 29,08 ( ZmNRAMP2 ) до 63,20 ( ZmNRAMP5 ) кДа. За исключением ZmNRAMP1 и ZmNRAMP3, все ZmNRAMP являются незаменимыми белками (изоэлектрические точки больше 7). Количество интронов в ZmNRAMPs колеблется от 1 до 13, что почти одинаково среди филогенетических групп (A и B) между кукурузой и Arabidopsis. Все белки показали множественные мотивы (от 6 до 10), которые были согласованы между группами кукурузы и Arabidopsis. Мы также провели трансмембранные домены, цис-регуляторные элементы, хромосомное картирование и аннотацию онтологии генов, которые выявили значимые функциональные атрибуты. Значительно увеличенная экспрессия ZmNRAMPs ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2 и ZmNRAMP4 ) в вегетативных и репродуктивных тканях может играть существенную роль в поглощении тяжелых металлов, транспорте и гомеостазе. Во время стресса засухи значительная регуляция cc ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP4 и ZmNRAMP7 ) может играть роль в устойчивости к засухе или акклиматизации у кукурузы.