Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Идентификация Trichoderma spp. с помощью ДНК-штрихкода и скрининга на целлюлолитическую активность

Абдельмегид и Фахми, Рагаа А. Эйсса, Халил А. Эль-Халфави, Ханафи А. Хамза и Махмуд С. Хельва

Была проведена видовая идентификация изолятов Trichoderma из разных мест дельты Нила в Египте и проанализирована их целлюлолитическая активность. На основе морфологических характеристик 75% изолятов были идентифицированы до уровня вида, и они были разделены на четыре совокупные группы. Одной только морфологической характеристики было недостаточно для точной идентификации видов Trichoderma, поскольку они имеют относительно немного морфологических признаков и ограниченную вариативность, что приводит к перекрытию и неправильной идентификации изолятов. Поэтому возникла необходимость в использовании молекулярной методики для компенсации ограничений морфологической характеристики. Секвенирование ДНК области 5.8S-ITS было проведено с использованием специфических праймеров ITS1 и ITS4. Сравнивая последовательности области 5.8S-ITS с последовательностями, депонированными в GenBank, с помощью программы BLAST, все изоляты могут быть идентифицированы до уровня вида с процентом гомологии не менее 99%. Кроме того, для оценки надежности Genbank использовался поисковый инструмент TrichOKEY, и результаты на 92% совпадали с результатами BLAST. Данные указывали на узкое видовое разнообразие, и преобладали два основных вида, а именно: T. longibarchiatum и T. harzianum. Распределение нуклеотидов, а также содержание (G+C) в ITS-регионе изолятов, указывало на широкий диапазон межвидовых вариаций. Наконец, изоляты оценивались на предмет их общей целлюлазной активности с использованием метода целлюлозо-лазура, на предмет экзоглюканазной активности с использованием метода Avicel и на предмет эндоглюканазной активности с использованием методов карбоксиметилцеллюлозы (КМЦ) и кислотно-набухшей целлюлозы. Следовательно, одиннадцать изолятов были отобраны в качестве лучших изолятов среди 28 изолятов, используемых для целлюлолитической способности.