Биохимия и аналитическая биохимия

Абстрактный

Human.miRFFL.DB: курируемый ресурс по корегуляторным сетям человеческих miRNA и связанным с ними регуляторным цепям

Панкадж Хурана*, Раджив Варшней, Р. Сугадев

Регуляция генов рассматривается как сложный процесс, в котором регуляторные элементы и их мишени образуют очень сложные сетевые взаимодействия, тем самым влияя на нормальную биологическую физиологию, а также на возникновение и развитие заболеваний. Факторы транскрипции (TF) и микроРНК (miRNA) являются фундаментальными транскрипционными и посттранскрипционными регуляторами экспрессии генов, контролирующими важные биологические процессы. В последние годы многие высокопроизводительные исследования показали, что сложные регуляторные взаимодействия опосредуются сложным взаимодействием между miRNA и TF, регулирующими целевой ген (TG) совместно. Также известно, что miRNA и TF регулируют друг друга. Этот сложный корегуляторный механизм может быть представлен в виде корегуляторной сети miRNA:TF:TG. Эту сеть можно использовать для идентификации нескольких небольших повторяющихся подграфов, известных как регуляторные контуры. Один из этих регуляторных контуров, также называемый петлями прямой связи (FFL), представляет собой трехузловой шаблон, состоящий из miRNA и TF, один из которых регулирует другой, и оба совместно регулируют TG. Эти регуляторные контуры оказались полезными для выяснения сложного взаимодействия регуляции генов во многих физиологических и патологических состояниях.

Human.miRFFL.DB — это комплексный интегрированный ресурс для человеческих miRNA:TF:TG корегуляторных сетей и связанных с ними регуляторных цепей. Внутренние скрипты, основанные на принципе теории графов, были использованы для идентификации обоих типов мотивов FFL, т. е. miRNA-FFL и TF-FFL. База данных дополнительно обеспечивает интерактивную визуализацию корегуляторных сетей и связанных с ними FFL. Human.miRFFL.DB можно использовать как комплексный готовый справочник для человеческих miRNA:TF:TG корегуляторных сетей и связанных с ними FFL для расшифровки сложных клеточных взаимодействий этих регуляторных биомолекул. Human.miRFFL.DB доступен онлайн по адресу http://mirffldb.in/human/