Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Как секвенирование отдельных молекул в реальном времени может улучшить прогноз и генетическое консультирование при миотонической дистрофии 1 типа

Стефани Томе

Миотоническая дистрофия типа 1 (DM1) возникает в результате расширения нестабильного повтора CTG, который обычно увеличивается в течение поколений и с течением времени в соматических тканях. Нестабильность повтора CTG и клинические проявления DM1 зависят от длины самого повтора и чистоты повторяющейся последовательности. Генетическое консультирование при DM1 очень сложно из-за сильно изменчивой клинической картины и технических трудностей в определении размера и чистоты расширения CTG. Мы использовали секвенирование PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) для точного измерения размера большого повтора CTG и выявления прерываний последовательности расширенного аллеля для понимания клинической и генетической изменчивости у пациентов с DM1. Мы секвенировали нескольких пациентов с DM1 с расширениями повторов CTG в диапазоне от 130 до > 1000 повторов CTG на системах Sequel I и II из очищенных ампликонов. Мы получили более 77% полных прочтений DM1 на образец, с > 70% прочтений из расширенных аллелей. Данные включают длинные риды в ожидаемом диапазоне размеров для всех образцов, включая пациентов с DM1 с более чем 1000 повторами CTG (таблица 1 и ссылка 1). Секвенирование SMRT является очень перспективным для секвенирования больших расширений триплетных повторов, для выявления прерываний повторов CTG и оценки соматического мозаицизма у пациентов с DM1. Этот метод может значительно улучшить прогноз и консультирование, предлагаемое пациентам.