Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Моделирование гомологии консервативных последовательностей аминокислот rbcL в семействе бобовых

Сагар С. Патель, Мегха Б. Вайдья и Дипти Б. Шах

Это исследование сосредоточено на моделировании гомологии нескольких видов семейства Leguminosae, которые встречаются в штате Гуджарат, Индия. Существует три подсемейства семейства Leguminosae: Fabaceae (Papilionaceae), Caesalpiniaceae и Mimosaceae. Множественное выравнивание последовательностей, проведенное для последовательностей белка rbcL нескольких видов в каждом подсемействе, и консервативные аминокислоты, рассмотренные для моделирования гомологии. Эволюционно связанные белки имеют схожие последовательности, а встречающиеся в природе гомологичные белки имеют схожую структуру белка. Было показано, что трехмерная структура белка эволюционно более консервативна, чем можно было бы ожидать на основе только сохранения последовательности; мы обнаружили, что существует несколько аминокислот, которые являются общими с одинаковыми парами оснований в каждом подсемействе, даже если они из разных родов. В базе данных PDB нашего исследования нет структур белка с консервативными аминокислотами, поэтому мы провели гомологичное моделирование трех последовательностей белка rbcL (по одной из каждого подсемейства), которые были найдены консервативными в семействе Leguminosae. Было проведено множественное выравнивание последовательностей и проверка структуры с помощью графика Рамачандрана, а сервер CASTp использовался для поиска активных участков в предсказанной структуре белка и, наконец, функции каждого предсказанного белка, сообщенной после этого гомологичного моделирования нескольких консервативных аминокислотных последовательностей rbcL в семействе Leguminosae.