Журнал бактериологии и паразитологии

Абстрактный

Генотипирование вируса гепатита В и филогенетический анализ с помощью мультиплексной ПЦР с использованием типоспецифических пар праймеров в популяции Пакистана

Джавед Икбал, Абида Раза и Джабар Заман Хан Хаттак

Предыстория: вирус гепатита В, вызывающий острую и хроническую гепатоцеллюлярную карциному, является серьезной проблемой для здоровья, затрагивающей более 350 миллионов человек во всем мире. Географически на сегодняшний день выявлено девять генотипов HBV. Четыре открытые рамки считывания, названные (ORF P, S, F и X), делают его специфически нацеленным на клетки гепатоцитов. Кроме того, процесс обратной транскрипции, присутствующий в жизненном цикле HBV, вызвал на четыре порядка более высокие частоты мутаций по сравнению с аденовирусом. Структурные и функциональные различия между генотипами HBV являются основой тяжести, осложнений, лечения и, возможно, вакцинации против вируса. Генотипирование гепатита В важно для оценки его клинических последствий и географического распространения, но субгенотипы оказались полезными для определения специфических геномных маркеров, связанных с гепатоканцерогенезом и медицинской терапией. В Пакистане нет зарегистрированных данных о молекулярно-эволюционном анализе HBV. Поэтому было крайне необходимо провести исследование для оценки спектров доминирующих штаммов, распространенных здесь.

Цели: Целью данного исследования было выяснить распространенность генотипов вируса гепатита В среди населения Пакистана. В данном исследовании мы сосредоточились на выявлении новых штаммов и субгенотипов вируса гепатита В. Пакистан является одной из стран, эндемичных по вирусу гепатита В, но нет данных о субгенотипах и их рекомбинации или филогенетической связи вируса, эндемичного в стране. Настоящее исследование было проведено в этой перспективе. Это исследование поможет будущим исследователям изучить некоторые другие аспекты штаммов, связанных с вирусом гепатита В, в Пакистане, а также о его медицинской терапии.

Место и продолжительность исследования: Настоящее исследование проводилось в лаборатории полимеразной цепной реакции (ПЦР) Института ядерной медицины, онкологии и радиотерапии [NORI] в Исламабаде, а образцы собирались в период с сентября 2012 года по февраль 2014 года.

Дизайн исследования: Всего 450 образцов с положительным результатом на поверхностный антиген вируса гепатита B HBsAg и ДНК вируса гепатита В были собраны на первом этапе в период с сентября 2012 года по февраль 2014 года и отправлены в Институт ядерной медицины, онкологии и радиотерапии [NORI] для дальнейшего анализа. Все образцы были генотипированы методом типоспецифической вложенной ПЦР-пары праймеров для 8 генотипов вируса гепатита В от A до H. Пациенты были выбраны случайным образом независимо от их возраста и пола, и было получено письменное согласие (родительское согласие в случае, если возраст меньше 18 лет). Исследование было одобрено этическим комитетом. В нашем исследовании мы использовали метод типоспецифического праймера для определения доминирующего штамма в пакистанской популяции, а также его филогенетический анализ с использованием референтных последовательностей, полученных из баз данных NCBI.

Результаты: Наши результаты показали прямую связь между вирусной нагрузкой и идентифицированными генотипами и указали, что генотип D является наиболее преобладающим генотипом и преобладает в высоких пропорциях среди всех генотипов в популяции Пакистана. Инфекции смешанного генотипа HBV генотипа A с B и C, D с B и C составляют около 17 процентов всех образцов. Субгенотипы различных штаммов HBV были идентифицированы на основе различий в полных нуклеотидных последовательностях. Положительные результаты ПЦР были повторены дважды для подтверждения. Кроме того, филогенетический анализ выявил гомологию между нашими сообщенными последовательностями и референтными последовательностями. Филогенетический метод показал, что генотипы/субгенотипы различаются в географических областях и сильно коррелируют с этнической принадлежностью.

Заключение: Генотип D был идентифицирован и оказался самым доминирующим генотипом в пакистанском сообществе, показывая субгенотипы D1 и D3 в нашем исследовании. Генотипы A и D присутствуют как коинфекция друг с другом и внесли вклад в качестве второй преобладающей генотипической группы. Кроме того, филогенетический анализ показал, что генотипы различаются в географических областях и сильно коррелируют с референтными последовательностями из NCBI.