Биология и медицина

Абстрактный

Анализ GLAD-ПЦР маркеров метилирования ДНК, связанных с колоректальным раком

Алексей А Евдокимов, Нина А Нетесова, Наталья А Сметанникова, Мурат А Абдурашитов, Александр Г Акишев, Борис С Малышев, Евгения С Давидович, Владимир В Федотов, Виталий В Кузнецов, Юрий Д Ермолаев, Андрей Б Карпов, Алексей Е Сазонов, Равиль М Тахауов и Сергей Х Дегтярев.

Гиперметилирование регуляторных областей генов документировано для многих онкологических заболеваний. Такое аберрантное метилирование ДНК в раковых клетках катализируется ДНК-метилтрансферазами Dnmt3a и Dnmt3b, которые преимущественно распознают и метилируют последовательности RCGY с образованием сайтов R(5mC)GY. Недавно на основе новой метил-направленной ДНК-эндонуклеазы GlaI мы разработали анализ GLAD-ПЦР, который позволяет определять сайт R(5mC)GY в определенном положении геномной ДНК. В этой работе мы применили анализ GLAD-ПЦР для идентификации метилированных сайтов RCGY в регуляторных областях некоторых подавленных генов, связанных с колоректальным раком (КРР). В этот список входят гены ADHFE1, ALX4, CNRIP1, EID3, ELMO1, ESR1, FBN1, HLTF, LAMA1, NEUROG1, NGFR, RARB, RXRG, RYR2, SDC2, SEPT9, SFRP2, SOCS3, SOX17, THBD, TMEFF2, UCHL1 и VIM. Анализ GLAD-PCR выбранных участков RCGY в регуляторных областях некоторых из этих генов демонстрирует хороший прогностический потенциал с относительно высокой чувствительностью и специфичностью обнаружения CRC в опухолевой ДНК.