Биохимия и аналитическая биохимия

Абстрактный

Сравнительный анализ смещения использования кодонов и паттерна контекста кодонов по всему геному у бактерий Salinibacter Ruber, Chromohalobacter Salexigens и Rhizobium Etli

Мохаммад Самир Фаруки, округ Колумбия Мишра, Нияти Рай, ДП Сингх, Анил Рай, К.К. Чатурведи, Ратна Прабха и Манджит Каур

Кодон является базовой единицей для передачи биологического сообщения во время синтеза белков в организме. Смещение использования кодона является предпочтительным использованием среди синонимичных кодонов в организме. Это предпочтительное использование синонимичного кодона было обнаружено не только среди видов, но также встречается среди генов в пределах одного генома вида. Это изменение шаблонов использования кодонов контролируется естественными процессами, такими как мутация, дрейф и давление. В этом исследовании мы использовали вычислительные, а также статистические методы для поиска смещения использования кодонов и шаблона контекста кодонов Salinibacter ruber (экстремально галофильный), Chromohalobacter salexigens (умеренно галофильный) и Rhizobium etli (негалофильный). В дополнение к этому также изучались композиционные вариации в частоте транслируемых аминокислот, эффективном количестве кодонов и оптимальных кодонах. График ENc против GC3s предполагает, что как смещение мутаций, так и трансляционный отбор вносят вклад в эти различия смещения кодонов. Однако смещение мутаций является движущей силой синонимичных моделей использования кодонов у галофильных бактерий (Salinibacter ruber и Chromohalobacter salexigens), а трансляционный отбор, по-видимому, влияет на модель использования кодонов у негалофильных бактерий (Rhizobium etli). Анализ соответствий относительного синонимичного использования кодонов выявил различные кластеры генов, различающиеся по количеству у изучаемых бактерий. Более того, модель контекста кодонов также была замечена изменчивой у этих бактерий. Эти результаты ясно указывают на вариацию в модели использования кодонов в этих бактериальных геномах.