Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Анализ острого воспалительного и противовоспалительного ответа в клетках RAW264 по всему геному предполагает наличие цис-элементов, связанных с трансляционной регуляцией

Хироаки Сако и Кацухико Судзуки

Трансляционная регуляция играет ключевую роль в опосредовании воспалительных реакций. Глюкокортикоиды, представленные в этом исследовании дексаметазоном (DEX), являются широко признанными противовоспалительными средствами, которые оказывают значительное ингибирующее действие на трансляцию различных групп генов, включая воспалительные гены. Однако их регуляция является весьма сложной и разнообразной, включая транскрипционную и трансляционную регуляцию. Хотя транскрипционная регуляция была исследована с помощью транскриптомных анализов по всему геному, трансляционная регуляция была изучена только несколькими конкретными генами-мишенями (например, фактором некроза опухоли), а глобальное влияние глюкокортикоидов на уровни трансляции почти не изучалось, в основном из-за его технической сложности. Здесь, используя профилирование рибосом в сочетании с высокопроизводительным секвенированием мРНК (mRNA-Seq), в котором можно зафиксировать следы транслирующих рибосом, мы провели транскрипционный и трансляционный анализ по всему геному острых воспалительных или противовоспалительных реакций клеток RAW264, стимулированных липополисахаридом (LPS) или LPS в сочетании с DEX (LPS + DEX). Мы показали, что большая часть дифференциальной регуляции между LPS в отдельности и LPS + DEX была обусловлена ​​скорее уровнями трансляции, чем уровнями транскрипции. Дальнейший анализ кластеров генов с повышенной и пониженной регуляцией выявил предполагаемые цис-регуляторные элементы, обогащенные исключительно в 3'-UTR либо повышенных, либо пониженных генов, индуцированных LPS + DEX. Результаты предполагают альтернативу в настоящее время признанным механизмам трансляционной регуляции, индуцированной глюкокортикоидами, в острой воспалительной реакции клеток RAW264.