Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Геномный анализ и транскрипционный анализ генов бактериоцинов в Enterococcus faecium CRL1879

Суарес Н., Боначина Х., Хеберт Э.М. и Сааведра Л*

Среди 151 бактериального изолята из девяти кустарных сыров Enterococcus faecium CRL 1879 проявил антибактериальную активность против пищевого патогена Listeria monocytogenes. Изолят продуцировал соединение, чувствительное к протеиназе К, в бесклеточном супернатанте. Геномный анализ продемонстрировал наличие кластеров генов биосинтеза энтероцина A, энтероцина B, энтероцина P, энтероцина SE-K4 и энтероцина X. Нуклеотидные последовательности, кодирующие предполагаемый двухкомпонентный бактериоцин, были обнаружены с помощью инструментов биоинформатики, здесь названных энтероцином CRL1879αβ. Транскрипционный анализ всех генов бактериоцина с помощью количественного анализа ПЦР в реальном времени (qRT-PCR) выявил транскрипцию каждого гена энтероцина на разных уровнях. Наконец, был проведен анализ распределения генов бактериоцина в 251 биопроекте E. faecium и сравнение с генами, идентифицированными в E. faecium CRL1879. Дискриминантный анализ показал, что гены бактериоцина широко распространены среди Enterococcus, независимо от происхождения штамма.

Результаты, представленные в данной статье, представляют собой уникальное открытие, поскольку это первая демонстрация штамма E. faecium, выделенного из кустарного сыра, с полным генетическим механизмом для производства шести бактериоцинов класса II и одного бактериоцина класса III.