Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Геномный анализ и сравнительный геномный анализ пяти коагулазоотрицательных стафилококков (CNS), выделенных из толстой кишки и желчного пузыря человека

Рамесан Гириш Наир, Гурвиндер Каур, Инду Хатри, Нитин Кумар Сингх, Судип Кумар Маурья, Шрикришна Субраманиан, Арунаншу Бехера, Дивья Дахия, Джавед Н Агревала и Шанмугам Майилрадж

Известно, что коагулазоотрицательные стафилококки (CNS) вызывают различные типы инфекций у людей, такие как эндокардит и инфекции мочевыводящих путей (ИМП). Удивительно, но в литературе отсутствуют данные по анализу генома в отношении CNS, особенно человеческого происхождения. В связи с этим мы провели анализ генома и сравнительный геномный анализ штаммов CNS Staphylococcus cohnii subsp. cohnii штамм GM22B2, Staphylococcus equorum subsp. штамм equorum G8HB1, штамм Staphylococcus pasteuri штамм BAB3, выделенный из желчного пузыря, и штамм Staphylococcus haemolyticus штамм 1HT3, штамм Staphylococcus warneri штамм 1DB1, выделенный из толстой кишки. Мы выявили 29% общих детерминант вирулентности в штаммах CNS, которые включали устойчивость к антибиотикам и токсичным соединениям, бактериоцинам и рибосомально синтезированным пептидам, адгезию, инвазию, внутриклеточную устойчивость, области профага, острова патогенности. 10 уникальных факторов вирулентности, участвующих в адгезии, отрицательной транскрипционной регуляции, устойчивости к меди и кадмию, созревании фагов также присутствовали в наших штаммах. Помимо сравнения гомологии генома, размера и содержания G + C, мы также показали наличие 10 различных генов CRISPR-cas в штаммах CNS. Кроме того, аннотация на основе KAAS выявила наличие генов CNS в различных путях, вовлеченных в заболевания человека. В заключение следует сказать, что это исследование является первой попыткой раскрыть патогеномику CNS, изолированную от двух различных органов тела, и подчеркивает важность CNS как новых патогенов сектора здравоохранения.