Журнал исследований и разработок в области аквакультуры

Абстрактный

Gene2Path: инструмент анализа данных для изучения путей генов рыб путем автоматического поиска ортологичных генов

Наталья Бальестерос, Нестор Агирре, Хулио Колл, Сара И Перес-Прието и Сильвия Родригес Сен-Жан

Большинство данных о путях регуляции генов из биохимических и молекулярных экспериментов взяты у людей или у видов, обычно используемых в качестве экспериментальных животных-моделей. Соответственно, программные пакеты для анализа этих данных на основе специфических кодов идентификации генов (ID) или номеров доступа (AN) нелегко применять к другим организмам, которые менее охарактеризованы на геномном уровне. Здесь мы разработали программу Gene2Path, которая автоматически ищет в базах данных путей для анализа данных микрочипов независимым, специфичным для вида способом. Мы проиллюстрировали метод данными, полученными из иммуноцелевого микрочипа радужной форели для поиска ортологичных путей, определенных для других хорошо известных биологических видов, таких как данио-рерио, хотя программное обеспечение можно применять к любому другому случаю или виду, представляющему интерес. Скрипты и программа доступны и бесплатны на веб-сайте «GENE2PATH» http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi. Руководство пользователя и примеры предоставляются вместе с пакетом. Программное обеспечение Gene2Path позволяет осуществлять автоматизированный поиск в базах данных NCBI и простую визуализацию полученных данных на основе графической сетевой среды.