Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Использование денатурирующего градиентного гель-электрофореза в анализе микробного разнообразия

Шах, депутат

Применение градиентного гель-электрофореза фрагментов гена ПЦР-амплификации были гидрогеназы. Сравнительный анализ последовательностей гена гидрогеназы [NiFe] был разработан с пятью различными праймерами ПЦР. Эти праймеры были протестированы в различных комбинациях на геномной ДНК из разных бактерий, содержащих и не содержащих гидрогеназу. Для видов desulfovibrio, по-видимому, была специфична только одна пара праймеров, в то время как другие дали положительные результаты с другими бактериями. Используя эту специфическую пару праймеров, мы смогли амплифицировать гены гидрогеназы [NiFe]. Однако только после этого можно было установить DGGE-анализ этих продуктов ПЦР по количеству различных видов desulfovibrio в образцах. DGGE-анализ продуктов ПЦР из разных биореакторов продемонстрировал до двух радикалов, при этом в образце микробного мата было обнаружено не менее пяти различимых полос. Поскольку эти группы, вероятно, представляют собой столько же видов desulfovibrio в этих образцах, мы приходим к выводу, что генетическое разнообразие в природном микробном мате видов desulfovibrio намного больше, чем в экспериментальных биореакторах.