Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Динамические изменения в составе микробиома и функциональном потенциале генома при мастите крупного рогатого скота

М. Назмул Хок, Мунавар Султана, М. Анвар Хоссейн*

Мы представляем мини-обзор ранее опубликованного исследования под названием «Динамика микробиома прогрессирования мастита крупного рогатого скота и геномные детерминанты», в котором мы сообщили о возможных динамических изменениях в составе микробиома, благоприятствуемых их геномным функциональным потенциалом при различных патофизиологических состояниях мастита крупного рогатого скота. Используя передовой подход секвенирования всего метагенома (WMS), мы сообщили о различных вариациях в составе микробиома и его распространенности в метагеномах клинического мастита (CM), рецидивирующего клинического мастита (RCM), субклинического мастита (SCM) и здорового (H) молока (CM>H>RCM>SCM). Бактерии были преобладающим микробным доменом (>99,0% относительного распространенности), за которым следовали археи и вирусы. Динамические изменения в составе бактериома в четырех метагеномах численно доминировали за счет 67,19% включения ранее не зарегистрированных условно-патогенных штаммов в метагеномы мастита. В этом исследовании также сообщается об уникальном и общем распределении микробиомов по этим метагеномам. В дополнение к составу и разнообразию микробиома, в исследовании сообщается об ассоциации нескольких генов, связанных с факторами вирулентности (VFG), и генов устойчивости к антибиотикам (AGR) в CM, RCM, SCM и H-микробиомах. Функциональная аннотация выявила несколько метаболических путей, связанных с различными эпизодами мастита. Таким образом, опубликованные данные показали, что изменения в составе микробиома при различных типах мастита, одновременная оценка VFGS, ARG и геномных функциональных потенциалов могут способствовать разработке диагностики и терапии мастита на основе микробиома и иметь значительные последствия для сокращения экономических последствий этого заболевания