Генная технология

Абстрактный

Капельно-цифровая ПЦР обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный метод идентификации генотипов биомаркера FcγRIIIa-F158V

Пол Гриффит, Дэвид Сан, Сара Р. Трич, Кэролайн Йохемс, Джеймс Л. Галли, Джеффри Шлом и Сяолинь Ву

Разработка новых моноклональных антител, вакцин и онколитических вирусных терапий основывалась на анализе биомаркеров как потенциальных предикторов успеха. Одним из хорошо изученных биомаркеров является остаток рецептора CD16/FcγRIIIa 158 F/V. Выявление вариантов посредством генотипирования локуса FcγRIIIa широко практикуется и сильно варьируется с помощью широко используемых методов, включая: секвенирование по Сэнгеру, проточную цитометрию, ПЦР/ПДРФ, Goldengate (заменен на Infinium) и анализ TaqMAN. Хотя каждый из этих методов имеет значительную поддержку в публикациях, связанных с CD16 FcγRIIIa 158 F/V, большинство из них демонстрируют существенные недостатки в выявлении как гомозигот (дикого типа и мутантных), так и гетерозигот эффективным с точки зрения времени и затрат способом. Использование капельно-цифровой ПЦР с зондами, специфичными для FcγRIIIa-F158V, приводит к точному генотипированию с использованием прямого распознавания последовательности в геномных образцах при более низкой средней стоимости и более быстром обороте. Здесь мы демонстрируем использование ddPCR для точной идентификации генотипов FcγRIIIa-F158V с подтверждением секвенированием Illumina в 128 образцах пациентов.