Биохимия и аналитическая биохимия

Абстрактный

Моделирование стыковки и молекулярной динамики редуктазы MurB Legionella pneumophila для надежного проектирования ингибитора

Вани Приядаршини, Дибьябхаба Прадхан, Манне Муникумар, Аминени Умахешвари, Д. Раджасекхар и ПВЛН Шриниваса Рао

Legionella pneumophila является возбудителем болезней легионеров, пневмонии и опасного для жизни кардиального эндотапротезного клапана. Редуктаза MurB, один из важнейших ферментов для биосинтеза пептидогликана, компонента клеточной стенки, была идентифицирована как общая мишень для лекарственных средств против бактериальных патогенов, вызывающих инфекционные эндокардиты, включая Legionella pneumophila. Редуктаза MurB с FAD действует как кофактор и катализирует НАДФН-зависимое восстановление UDP-N-ацетиленолпирувилглюкозамина (UDP-GlcNAcEP) до UDP-N-ацетилмурамовой кислоты. В настоящем изготовлении 360 структурных исходных FAD были состыкованы с редуктазой MurB Legionella pneumophila с использованием непрерывного протокола Glide v5.7, реализованного в виртуальном рабочем процессе скрининга Maestro v9.2. Из семи лидов, полученных с помощью анализа стыковки, только Lead1 (XPGscore -13,27 ккал/моль) имела режим связи с аффинностью к MurB-редуктазе по сравнению с кофактором FAD (XPGscore -13,25 ккал/моль). Взаимодействие на молекулярном уровне комплекса стыковки MurB-редуктазы-свинца1 имеет хорошую корреляцию с комплексом MurB-редуктазы-FAD. Кроме того, молекулярно-динамическое моделирование для комплекса стыковки MurB-редуктазы-свинца1 было выполнено с использованием Desmond v3.0, чтобы пролить свет на естественную динамику комплекса стыковки в растворе в различных временных масштабах. Молекулярно-динамическое моделирование комплекса MurB-редуктазы-свинца1 показало стабильную природу взаимодействий стыковки.